Pada 25 Julai 1957, sebuah republik diisytiharkan dan sistem pemerintahan beraja dihapuskan sementara Bourguiba dilantik sebagai Presiden Republik Tunisia.

Dasar-dasar ekonomi sosialis yang dimulakan oleh Bourguiba pada 1970-an tampak gagal. Perdana Menteri Tunisia, Hédi Nouira memperkenalkan dasar lebih liberal dalam tempoh sepuluh tahun. Dasar ini telah membawa peningkatan dalam perniagaan swasta dan penyatuan sektor swasta.

Di peringkat antarabangsa, Bourguiba lebih pro-Barat dalam Perang Dingin. Dasar ini bertentang dengan kepimpinan Liga Arab terutama Presiden Mesir, Gamal Abdul Nasser. Pada bulan Mac 1965, beliau menyokong Jericho iaitu keamanan antara Palestin dan Israel berdasarkan Resolusi Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (PBB) 1947.

Bourguiba menandatangani perjanjian dengan Presiden Libya, Muammar Gaddafi untuk menggabungkan kedua-dua negara pada 1974. Pakatan ini amat mengejutkan kerana Bouguiba telah mengemukakan tawaran ini dua tahun sebelumnya. Namun idea penggabungan tidak popular di Tunisia. Perjanjian itu dikatakan membolehkan Bourguiba menjadi presiden manakala Gaddafi akan menjadi menteri pertahanan.

Pada bulan Mac 1975, Perhimpunan Kebangsaan Tunisia mengambil langkah yang luar biasa dengan mengundi Bourguiba sebagai presiden seumur hidup. Pada 1980-an Bourguiba berusaha memerangi kemiskinan. Namun pembangkang yang diterajui oleh Parti Nahda semakin meningkat dan popular.

Pada tahun 1979, Tunis menjadi ibu pejabat Liga Arab selepas Perjanjian Kem David. Pada 1982, dia mengalu-alukan Pertubuhan Pembebasan Palestin (PLO) di Tunis, selepas mereka disingkirkan dari Beirut semasa Perang Saudara Lubnan.

Pada 1 Oktober 1985, Israel melancarkan serangan ke atas ibu pejabat PLO berhampiran Tunis. Angkatan Bersenjata Tunisia gagal menangkis serangan itu. Kebanyakan orang mati adalah ahli PLO dan penduduk Tunisia. Akibatnya, Bourguiba memutuskan hubungan dengan Amerika Syarikat. Pada 7 November 1987 Perdana Menteri Tunisia, Zine El Abidine Ben Ali merampas kuasa kerana Presiden Habib Bourguiba dilaporkan tidak sihat. Perlembagaan Tunisia digubal dan melantik beliau sebagai Presiden Tunisia yang baru, berdasarkan Perkara 57, Perlembagaan Tunisia.